Хабаровский краевой музей им. Н.И. Гродекова является Государственным научным учреждением культуры и входит в систему крупнейших центров по изучению, сохранению и использованию национального культурного наследия в ДФО.
Научно-исследовательская работа является одним из приоритетных видов деятельности музея. Научное обоснование системы целей и задач музея, перспективных направлений его научных исследований обозначены в Научной концепции развития музея (2011-2020 гг.).
Ученый совет музея, куда входят ведущие специалисты научных и образовательных организаций края, научные сотрудники музея, осуществляет координацию научной работы, ежегодно подводит ее итоги, дает рекомендации в области музейного дела.

В рамках развития научно-исследовательской работы музей осуществляет активное сотрудничество с научными учреждениями не только Хабаровского края, но и других субъектов Дальнего Востока, а также стран АТР. Археологами музея ежегодно проводятся экспедиции в различных районах края совместно с коллегами из университетов Мэйдзи, Токийского, Цукуба (Япония).

С 1996 г. музей организует проведение научно-практической конференции «Гродековские чтения», на которой рассматриваются проблемы изучения и сохранения историко-культурного и природного наследия российского Дальнего Востока. В 2015 г. конференция впервые вышла не международный уровень.
Ежегодно осуществляется издание «Записок Гродековского музея», тематических сборников научных статей, сотрудники музея ведут подготовку каталогов на основе этнографических, историко-бытовых, документальных коллекций, разрабатывают научные концепции выставок и экспозиций.



Сотрудники музея регулярно принимают участие в грантовых конкурсах Российского фонда фундаментальных исследований, Российского государственного научного фонда и др.
С 2015 г. результаты научных исследований сотрудников и музейные издания размещаются в системе Научной электронной библиотеки E-library и учитываются в системе Российского индекса научного цитирования (РИНЦ).
Научный коллектив музея включает специалистов по истории, культуре, этнографии, природной среде дальневосточного региона, в числе которых 7 кандидатов наук и 4 аспиранта.
Направления научных исследований музея:
- археологические памятники эпохи неолита на территории Хабаровского края;
- материальная и духовная культура аборигенного населения Дальнего Востока России;
- история открытия и освоения Дальнего Востока России в конце XIX – начале ХХ вв.;
- выдающиеся деятели культуры и искусства на Дальнем Востоке;
- русская православная церковь и общество на Дальнем Востоке России;
- экспозиция как основная форма музейной коммуникации. Экспозиционное отражение современного развития Хабаровского края;
- видовое разнообразие животного и растительного мира Хабаровского края. Охрана природы и проблемы;
- музей в культурном пространстве Хабаровского края. Социальные функции музея и их трансформация в современных условиях;
- Хабаровский край во вт. п. ХХ – XXI вв.: социально-демографические процессы, экономическое развитие, общественные структуры.