Свидетельством значимой роли Хабаровского краевого музея в научной жизни Дальнего Востока является проведение межрегиональных научно-практических конференций Гродековские чтения. С проведением Гродековских чтений связан особый этап его научно-исследовательской деятельности - именно в последние десятилетия были предприняты серьёзные попытки утвердить статус музея как научного учреждения.
20-21 апреля 2009 г. состоялись VI Гродековские чтения, посвящённые 200-летию со дня рождения генерал-губернатора Восточной Сибири графа Н.Н. Муравьёва-Амурского и 400-летию со дня рождения русского землепроходца Е.П. Хабарова. Конференция стала самой крупной по сравнению с ранее проводившимися чтениями и по числу участников, и по научному потенциалу. Всего в работе конференции приняло участие 259 чел. из разных регионов Сибири и Дальнего Востока России.
В рамках публикации сборников материалов конференций Гродековские чтения, начиная с Первых, было опубликовано 818 работ. Общий же объём изданных научных материалов конференции составляет уже более 250 услов. п. л.
Первые Гродековские чтения, 19 -20 декабря 1996 г.
Вторые Гродековские чтения «Историко-культурное и природное наследие Дальнего Востока на рубеже веков: проблемы изучения и сохранения», 29-30 апреля 1999 г.
Третьи Гродековские чтения «Дальний Восток России: исторический опыт и современные проблемы заселения и освоения территории», 4-5 октября 2001 г.
Четвёртые Гродековские чтения «Приамурье в историко-культурном и естественно-научном контексте России», 22-23 апреля 2004 г.
Пятые Гродековские чтения «Амур – дорога тысячелетий», 30 мая – 4 июня 2006 г.
Шестые Гродековские чтения «Актуальные проблемы исследования российской цивилизации на Дальнем Востоке», 20-21 апреля 2009 г.