Музей археологии, созданный на базе Хабаровского краеведческого музея в 1998 году, один из немногих в Сибири и на Дальнем Востоке. Расположен музей в отдельном здании, имеет отличную исследовательскую и экспозиционную базой, включающую в себя пять тематических залов, интерактивную экспозицию, фондохранилище, лабораторию, учебное помещение, мастерскую по реконструкции древних орудий трудаи и керамики. Фонды музея стали формироваться ещё в конце XIX века и ныне насчитывают более 35 тысяч предметов, из них 1200 экспонатов выставлено в экспозиции. Многие предметы уникальны по своей научной ценности. В основу археологического фонда легли коллекции В. К. Арсеньева, А. П. Окладникова, а также материалы, собранные в экспедициях археологами В.Е. Медведевым, Ю. М. Васильевым, В. А. Дерюгиным и другими, в том числе и участниками международных экспедиций.

       В зале палеолита представлены археологические культуры, имеющие возраст от 30 тысяч лет и до завершения ледниковой эпохи. Оформлена красочная диорама охотников на мамонтов, выставлены каменные орудия труда с древнейших на Нижнем Амуре стоянок голый Мыс и Чендока, представлена эволюция и формы первобытного искусства, а также карта миграций древнего человека из Сибири на Американский континент.

         В зале, посвящённом эпохе неолита, наибольший интерес вызывают образцы древнейшей в мире керамики, имеющей возраст свыше 13 тысяч лет и найденной в районе Хабаровска. Красочно оформлен макет древнего жилища и диорама селения первобытных охотников и рыболовов. Богатая коллекция керамики позднего неолита (от 6 до 3,5 тысячелетий назад) даёт представление об эволюции орнаментов и вообще декоративного искусства древних жителей Приамурья. Представлены здесь и украшения, культовые фигурки «амурских Венер», другие необычные находки.

      Весьма интересен и следующий, третий зал, где эпоха неолита на Амуре представлена в ёмком и красочном макете первобытного селения на острове Сучу с его удивительными находками и фотоиллюстрациями. Здесь же развёрнута экспозиция по реконструкции древних орудий труда, показаны фазы экспериментальной археологии – нового направления в науке о древности.

      Далее посетители попадают в эпоху палеометалла, или ранний железный век, начавшийся в Приамурье в  середине второго тысячелетия до нашей эры. И снова – макет древнего жилища, отлично дополняющий витрины с древними находками. Вообще макеты – удачный приём в оформлении экспозиции, и такие «живые картины» из жизни предков вызывают большой интерес у посетителей, в том числе и иностранцев.

   И, наконец, пятый, завершающий зал, где представлена эпоха Средневековья, показаны государства Бохай и Цзинь («Золотая империя» чжурчженей), древнейшие в регионе. Такая последовательность в изложении материала даёт целостную картину древнего прошлого Приамурья, усиливает интерес экскурсантов к археологии. Не только обзорные экскурсии, но и тематические, а также лекции и прикладные занятия можно проводить в каждом зале. Да и само здание музея, являющееся памятником архитектуры, а также площадка вблизи с аллеей наскальных рисунков-петроглифов, выполненных в виде муляжей, вызывают большой интерес у посетителей. 

      Интерактивная экспозиция "Магия первобытного очага" -это интерактивный комплекс на основе детальной реконструкции интерьера стационарного жилища каменного века. Информационной основой экспозиции являются раскопки древнего жилища на поселении Харпичан – 4, которое относится к кондонской культуре эпохи неолита (6 – 7 тыс. лет назад). Оно погибло от пожара и сохранило многочисленные свидетельства о характере конструкции, внутреннем обустройстве, количестве и местах расположения глиняной посуды, орудий и т.п. Данные экспериментального моделирования позволили восстановить утраченные фрагменты древнего быта и производства.
       В качестве исходной точки всей деятельности выбран очаг -объединяющий элемент, символ тепла, уюта, семейного благополучия, издревле собирающий в кругу своего света родичей, свидетель всех домашних производств, кустарных ремесел. Около него рассказываются легенды, проводятся обряды, это сердце любого дома, огонь испокон веку считался священным и чтился.
       Экспозиция вводит в музейный оборот большое количество популярных тем из области древнего быта и духовной культуры для более разносторонней и доступной популяризации археологической информации. В это число входит: большое количество керамической посуды, деревянная, берестяная и кожаная утварь, инструменты для деревообработки (тесла, долота, струги и др.), иглы и шилья, луки и стрелы и др.
     Все экспонаты доступны посетителю, они не скрыты в витринах, как в классической экспозиции, а образовательная программа включает большое количество элементов театрализации.

     Музей археологии является авторитетным научным подразделением Хабаровского краеведческого музея имени Н. И. Гродекова, осуществляет обширную научную и экспозиционную деятельность. Сотрудники музея принимали участие в съёмках научно-популярного фильма «Амур – дорога тысячелетий», удостоенного премии администрации Хабаровского края. Научные статьи сотрудников музея регулярно публикуются в международных сборниках на русском, английском, японском языках. По мнению российских и зарубежных коллег, исследования сотрудников музея имеют большую научную ценность, а сами археологи пользуются заслуженным авторитетом. Как научное учреждение, Хабаровский музей археологии весьма перспективен, сфера его поиска и музейных новаций расширяется.